Vous vous souvenez d’AlphaFold 2, ce modèle d’IA assez dingue de Google DeepMind qui avait fait des avancées majeures dans la prédiction des structures de protéines ? Eh bien, la version 3 vient de débarquer et elle repousse encore un peu plus les limites !

AlphaFold 3, c’est comme si on passait d’un film noir et blanc du genre la Vache et Le Prisonnier à un film en 3D style Avatar, car non seulement il prédit avec une précision impressionnante la structure 3D des protéines, mais il est également capable de modéliser leurs interactions avec tout un tas d’autres molécules : l’ADN, l’ARN, les petites molécules organiques comme les médicaments, et même les modifications chimiques.

Concrètement, ça veut dire qu’on va pouvoir mieux comprendre comment toutes ces molécules qui nous composent s’assemblent et fonctionnent ensemble, comme les rouages de l’horloge cosmique de la viiiie. Un sacré bond en avant pour décrypter les processus biologiques fondamentaux et leurs dysfonctionnements à l’origine des maladies.

Son secret, évidemment, c’est une architecture de réseau de neurones encore plus puissante et entraînée sur une montagne de données moléculaires. Le cœur du système repose sur un module Evoformer amélioré, couplé à une nouvelle approche basée sur des réseaux de diffusion qui partent d’un nuage d’atomes pour converger vers la structure moléculaire la plus probable.

Et les résultats sont vraiment impressionnants puisque sur les jeux de données de référence, AlphaFold 3 bat des records avec des améliorations significatives par rapport aux méthodes existantes. Pour certaines catégories d’interactions, comme celles avec les médicaments, il augmente même nettement la précision des prédictions. Et tout ça sans même avoir besoin de données structurales en entrée.

Mais le plus cool, c’est que c’est open source (Edit : Apparemment, ça ne l’est plus malheureusement - Merci à Enthuo pour la correction) et accessible gratuitement à la communauté scientifique via le nouveau serveur AlphaFold. Cet outil permet à n’importe quel chercheur de générer des prédictions pour ses protéines d’intérêt en quelques clics, là où il fallait avant un travail titanesque et des moyens conséquents. Bref, de quoi démocratiser la biologie structurale et accélérer les découvertes !

Évidemment, avec une telle puissance vient aussi de grandes responsabilités, alors les gros cerveaux derrière DeepMind ont longuement planché avec de nombreux experts et organismes pour définir un cadre éthique et limiter les risques de mésusage comme on dit. Parce qu’autant un AlphaFold entre de bonnes mains, ça peut faire avancer la science et la médecine de façon spectaculaire, autant on n’a pas envie de voir débarquer des virus ou des prions tueurs conçus par des apprentis sorciers.

Mais j’ai hâte de voir ce que la communauté scientifique va réussir à faire avec cet outil génial. Peut-être de nouvelles enzymes pour des applications industrielles, des matériaux bio-inspirés aux propriétés uniques, ou des protéines thérapeutiques plus efficaces ? En tout cas une chose est sûre, la révolution biotech ne fait que commencer et nul doute qu’AlphaFold 3 en sera l’un des acteurs clés !

Source